吳毓芳（1824年—1857年），字子藝，號潤六，安徽廬州府合肥縣六家畈人，淮軍將領。

吳毓芳為六家畈吳氏第十七代孫，吳鎰第十二世孫，吳璠次子，兄弟四人（吳毓芬、吳毓芳、吳毓蘅、吳毓蘭）。

吳毓芳年少好學，“性端謹孝友，語言簡默，少讀書目數(shù)行下，年十三即盡熟群經(jīng)，喜經(jīng)世之學，于子史無所不窺，屬文下筆千言”。

道光二十九年（1849年）己酉科舉人。

咸豐三年（1853年），太平軍、捻軍合擾皖北，兄弟四人辦團練助剿，有軍功。

咸豐六年（1856年）丙辰科三甲第七十三名進士，授甘肅知縣，又因軍功升同知，上任途中即生病去世，時年33歲。

著有《薰香館詩文集》。